BioServer Logo
BioServer

پکیج‌ها

Packages

پکیج‌های تخصصی بیوانفورماتیک برای نیازهای شما

پکیج‌های نرم‌افزاری

BWA

ابزار ترازبندی توالی‌های کوتاه

اطلاعات بیشتر

STAR

ابزار ترازبندی برای داده‌های RNA-Seq

اطلاعات بیشتر

Bowtie

ابزار ترازبندی سریع برای توالی‌ها

اطلاعات بیشتر

Bowtie2

نسخه پیشرفته‌تر Bowtie برای ترازبندی

اطلاعات بیشتر

Samtools

ابزار مدیریت و تحلیل فایل‌های SAM/BAM

اطلاعات بیشتر

GATK

ابزار شناسایی واریانت‌های ژنومی

اطلاعات بیشتر

FastQC

ابزار کنترل کیفیت داده‌های توالی‌یابی

اطلاعات بیشتر

Trim Galore

ابزار تریم و فیلتر داده‌های توالی‌یابی

اطلاعات بیشتر

Cutadapt

ابزار حذف آداپتورها از داده‌های توالی‌یابی

اطلاعات بیشتر

HISAT2

ابزار ترازبندی برای داده‌های توالی‌یابی

اطلاعات بیشتر

TopHat

ابزار ترازبندی برای داده‌های RNA-Seq (قدیمی‌تر)

اطلاعات بیشتر

Cufflinks

ابزار مونتاژ و تحلیل داده‌های RNA-Seq

اطلاعات بیشتر

StringTie

ابزار مونتاژ و کمی‌سازی داده‌های RNA-Seq

اطلاعات بیشتر

DESeq2

ابزار تحلیل بیان ژن تفاضلی

اطلاعات بیشتر

edgeR

ابزار تحلیل بیان ژن تفاضلی

اطلاعات بیشتر

Salmon

ابزار کمی‌سازی داده‌های RNA-Seq

اطلاعات بیشتر

Kallisto

ابزار سریع کمی‌سازی داده‌های RNA-Seq

اطلاعات بیشتر

Snakemake

ابزار مدیریت جریان‌کاری بیوانفورماتیک

اطلاعات بیشتر

Nextflow

ابزار مدیریت جریان‌کاری پیشرفته

اطلاعات بیشتر

Picard

ابزار مدیریت داده‌های توالی‌یابی

اطلاعات بیشتر

VarScan

ابزار شناسایی واریانت‌های ژنومی

اطلاعات بیشتر

FreeBayes

ابزار شناسایی واریانت‌های ژنومی

اطلاعات بیشتر

VCFtools

ابزار کار با فایل‌های VCF

اطلاعات بیشتر

BCFtools

ابزار کار با فایل‌های VCF و BCF

اطلاعات بیشتر

Annovar

ابزار آنوتاسیون واریانت‌ها

اطلاعات بیشتر

SnpEff

ابزار آنوتاسیون و پیش‌بینی اثرات واریانت‌ها

اطلاعات بیشتر

Blast

ابزار جستجوی شباهت توالی‌ها

اطلاعات بیشتر

HMMER

ابزار جستجوی توالی‌های پروتئینی

اطلاعات بیشتر

Clustal Omega

ابزار ترازبندی چندگانه توالی‌ها

اطلاعات بیشتر

MAFFT

ابزار ترازبندی چندگانه توالی‌ها

اطلاعات بیشتر

MUSCLE

ابزار ترازبندی چندگانه توالی‌ها

اطلاعات بیشتر

Trimmomatic

ابزار تریم داده‌های توالی‌یابی

اطلاعات بیشتر

Seqtk

ابزار کار با داده‌های توالی‌یابی

اطلاعات بیشتر

Bedtools

ابزار کار با داده‌های ژنومی

اطلاعات بیشتر

IGV

ابزار بصری‌سازی داده‌های ژنومی

اطلاعات بیشتر

RSEM

ابزار کمی‌سازی و تحلیل داده‌های RNA-Seq

اطلاعات بیشتر

Subread

ابزار ترازبندی و کمی‌سازی داده‌ها

اطلاعات بیشتر

featureCounts

ابزار شمارش داده‌های توالی‌یابی

اطلاعات بیشتر

MultiQC

ابزار تجمیع گزارش‌های کنترل کیفیت

اطلاعات بیشتر